第一章 申請專利及辦理有關專利事項之程序
我國專利法將專利類型區分為發明、新型及設計三種。由於專利制度不採創作保護主義，創作人欲受到專利權保護，必須依照創作內容，選擇適當的專利種類，向專利專責機關提出申請，並經過審查符合規定後，始能取得專利權。
申請專利及辦理其他有關專利事項，例如：申請分割、申請改請、專利權讓與、提起舉發等等，必須符合一定之程序要件，始能受理。本章規範內容包括文件要求、送件方式、受理、撤回、拋棄等程序面之審查作業，以為專利專責機關業務處理之準據。
1.文件要求
1.1文件
申請專利及辦理有關專利事項所需文件，包括申請書、說明書、申請專利範圍、圖式、摘要、指定代表圖、委任證明文件、主張優惠期證明文件、國際優先權證明文件、生物材料寄存證明文件、舉發理由及證據、專利權異動之證明文件等等，各項申請應備之文件及撰寫方式，參照各相關章節規定。
申請專利及辦理有關專利事項之文件，應用中文；證明文件為外文者，專利專責機關認有必要時，得通知申請人檢附中文譯本或節譯本。
依專利法及其施行細則所定應檢附之證明文件，應以原本或正本為之。若未檢送原本或正本而以影本代之者，應由當事人釋明與原本或正本相同。但優先權證明文件須為正本，申請人在法定期間內如僅檢送優先權證明文件首頁影本，將通知限期補正與影本為同一文件之正本，屆期未補正或補正後仍不齊備者，視為未主張優先權。惟優先權證明文件正本已向專利專責機關提出者，得以載明正本所依附案號之影本代之。
證明與釋明，均係當事人提出證據使專利專責機關得生心證之行為。所謂釋明，指提出可供即時調查並可使專利專責機關信其大概如此之證據，不可解為敘明或說明之意。惟實務上多已接受以切結方式代之，例如：切結保證影本與原本或正本相同。證明則指提出使專利專責機關信其確係如此之證據。例如：文書影本依公證法規定經公證或認證。如當事人釋明或證明之結果，不能使專利專責機關產生相當之心證時，仍得通知當事人補送證明文件之原本或正本以供查核。
1.2文件之簽署
申請文件之簽署，係申請人於文書簽名或蓋章(下稱簽章)，以為憑信。申請專利及辦理有關專利事項，應由申請人於申請書簽章，如委任代理人者，得僅由代理人簽章。至送達代收人僅有代申請人收受專利相關文件之權限，申請書上仍應由申請人簽章。未於申請書簽章者，將通知申請人限期補正，屆期未補正，專利申請案或其申請辦理之專利事項將不予受理。
1.2.1申請人為自然人
依民法規定，自然人區分為有行為能力人、限制行為能力人及無行為能力人。依民法規定有行為能力之自然人，始有行政程序之行為能力。無行政程序行為能力者，應由其法定代理人代為行政程序行為。因此，申請人為有行為能力人者，申請書應由本人簽章；申請人為限制行為能力人或無行為能力人者，申請書應加列其法定代理人並簽章。申請人委任代理人申請專利者，其委任書上之簽章亦同。
申請人蓋章不得使用職銜章，例如「OO公司董事長之章」，此因職銜章僅能代表某自然人於公司或單位中之職務或職稱，屬於執行業務時辨別身分之用，若使用於專利申請文件之簽章，無法確認申請人之人格專屬性。
1.2.2申請人為法人
申請人為法人時，因法人無法自為簽章行為，故本國法人應由其代表人或有權簽章之人為之，並應加蓋法人印章；外國法人得僅由其代表人或有權簽章之人為之。如由有權簽章之人為之時，須提出法人授權證明文件或由其聲明表示其係屬執行職務，具有代表法人為該簽章行為之權限。所謂有權簽章之人，例如：經理人在公司章程或契約規定授權範圍內，有為公司管理事務及簽名之權。而有權聲明之人包括簽章本人、申請人之代表人或申請人之代理人。
申請人為政府機關時，應蓋政府機關印信，並由機關首長簽名或蓋章。例如：「OO部OO局」申請專利時，申請人欄位應填載「OO部OO局」，並蓋印信；代表人欄位則應填載局長姓名「○○○」，並簽名或蓋首長私章、職名章、職銜章。申請人如係學校或財團法人者，其代表人之簽章可比照政府機關辦理。
申請人為公司組織，其代表人為另一公司組織時，例如：甲公司之代表人為乙公司，則專利申請書上之代表人欄須載明乙公司並蓋乙公司之印章。
原則上法人於申請專利時，申請書上簽章應如同上述加蓋與公司全名一致之公司大印，但"OO公司專利專用章"、"OO公司智(慧財產)權專用章"等，因與申請專利之用途一致，亦得作為申請專利之用，其餘印章，例如："OO公司契約專用章"、"OO公司進出口專用章"、"OO公司報關專用章"等等，均僅在某種特殊用途下始能使用，皆不得作為申請專利用章。
1.2.3電子送件之簽署
專利電子申請文件，應由申請人使用電子憑證為數位簽章，若申請人有2人以上時，所有申請人均應為數位簽章；委任有代理人者，得僅由代理人為數位簽章，若代理人有2人以上時，由其中1位代理人為數位簽章即可。
1.2.4簽章之審核
申請人從送件後至專利權消滅為止，可能提出各種專利相關申請，原則上不須審核申請人於申請書或證明文件上之簽章與該案卷存簽章是否一致，只要有申請人或代理人之簽章，即可認該申請行為係為申請人之意思表示。申請人於後申請案主張先申請案之國內優先權、申請改請、分割或衍生設計時，亦只審核後申請案、改請案、分割案及衍生設計案之申請書上有申請人或代理人之簽章即可，不審核該簽章與先申請案或原申請案之簽章是否一致。
惟對於申請人權益有重大影響之下列事項，為維護申請人權益，須審核申請書或證明文件上之申請人簽章與該案卷存簽章是否一致：
(1)專利申請權讓與登記。
(2)專利權讓與登記。
(3)專利權信託登記。
(4)提早公開發明申請案。
(5)撤回或拋棄專利申請案。
(6)閱覽、抄錄或複製限由當事人閱卷之案卷(限制範圍以專利閱卷作業要點規定為準)。
審核申請人之簽章是否一致，係以該案第一次提出專利申請時之申請書上之申請人簽章為比對基準；簽章有變更而辦妥簽章變更登記者，其後之審核即以變更後之簽章為準。若申請人委任代理人申請專利，且申請書上僅有代理人簽章時，以委任書上之申請人簽章為準。惟如委任書上之申請人簽章有限制特定用途(例如"OO公司契約專用章")，其後第一次辦理須審核簽章之專利事項時，除符合該特定用途之證明文件(例如讓與契約書)得使用該簽章外，其他特定用途外(例如申請撤回)之申請文件應使用可作為申請專利用途之簽章，申請人並應提出切結書敘明該次申請文件之簽章確實為其簽署。嗣後再辦理其他須審核簽章之專利事項時，即以該次簽章為比對基準。
專利申請案以電子方式送件者，係以該案第一次提出專利申請時檢附之證明文件影像檔(例如委任書)上之申請人簽章為準；申請時未檢附證明文件影像檔或檢附之證明文件影像檔上未載有申請人簽章者，其後第一次以書面方式辦理須審核簽章之專利事項時，申請人應提出切結書敘明該次申請文件之簽章確實為其簽署。嗣後再以書面辦理其他須審核簽章之專利事項時，即以該次簽章為比對基準。
1.2.5簽章不一致之處理原則
申請書、證明文件上之申請人簽章經審核與卷存簽章不一致者，將通知申請人限期補正。申請人可依下列方式擇一為之：
(1)補正與卷存簽章一致之簽章。
(2)申請變更簽章(詳細規定參照本篇第3章)。
(3)切結申請書或證明文件上之簽章確為其親自簽署或有權之人簽署。
申請人以切結方式補正者，其為自然人時，於專利核准審定（或處分）前，須檢送切結書；於專利核准審定（或處分）後，須檢送切結書及其身分證明文件；其為法人時，須檢送切結書。選擇以切結之方式補正而不申請變更簽章者，僅就當次申請事項發生個案之效力，其後辦理有關專利事項而須審核簽章時，仍以卷存原簽章為比對基準。
申請讓與登記、信託登記等涉及雙方權利義務但可由受讓人、受託人單方提出之申請事項，僅能由原權利人切結，受讓人、受託人不得替代（97年1月17日經濟部經訴字第09706100560號決定參照）。
2.送件方式
申請文件送件方式有臨櫃送件、郵寄送件及電子送件等方式。除簡易申辦事項外，若以非前述方式提出申請，例如：電子郵件、傳真…等，應不予受理。
簡易申辦事項包括：更正申請人之身分證字號及統一編號、變更專利權人之代表人、變更專利權人之地址、變更代收人地址、變更代理人地址、申請補發收據證明書、申請閱卷、申請影印、申請展期補正、申請面詢、勘驗及申請檢還樣品等，得以電子郵件、傳真等方式為之。
2.1臨櫃送件
臨櫃送件方式，係指將文件及規費送至專利專責機關或其各地服務處（新竹、台中、台南、高雄服務處）之專利收文櫃台，以申請專利或辦理有關專利事項。
2.2郵寄送件
申請文件之送件，以郵寄方式提出者，不論是否以掛號方式郵寄，均以郵寄地郵戳所載日期為準。郵戳所載日期不清晰者，除由當事人舉證外，以到達專利專責機關之日為準。
郵寄方式，係指經「中華郵政股份有限公司」將文件寄達專利專責機關或其各地服務處（新竹、台中、台南、高雄服務處）申請專利或辦理有關專利事項。
若經其他民間遞送公司遞送之文件，其送件以專利專責機關收文之日為準。蓋民間遞送公司並非中華郵政股份有限公司及受其委託者，依法不得以遞送信函、明信片或其他具有通信性質之文件為營業，其遞送文件時縱使給予寄件者執據，該文件亦非郵政法所明定之「郵件」，不得以文件交付該民間遞送公司之日期作為專利法施行細則第5條之「郵寄地郵戳所載日期」（最高行政法院100年判字第235號判決、台北高等行政法院96年度訴字第01891號判決參照）。
2.3電子送件
電子送件方式，係指至專利專責機關網站下載相關申請書表檔案，並於「智慧財產權e網通」網站，登錄成為會員，確認同意電子申請約定，登錄電子簽章（使用電子憑證），填寫後將電子申請文件傳送至專利專責機關之資訊系統，其收文日以專利專責機關之資訊系統收受之日為準。
3.申請案號
專利申請案號，係指專利申請案經收文後，給予每件專利申請案的代碼，以作為審查過程中對專利申請案進行管理之依據。
專利申請案號目前為阿拉伯數字9碼，前3位數代表專利申請年份；第4位數代表申請專利之類別，1代表發明專利，2代表新型專利，3代表設計專利；第5到第9位數代表申請的順序流水號，每年從00001開始。例如：102123456，表示為民國102年第23456件發明申請案。
衍生設計申請案號編碼方式，以原設計申請案案號加上「D」及2位數，每案從01開始。例如：102303456D01，表示係102303456號設計專利申請案之第1件衍生設計申請案；102303456D02，表示係102303456號設計專利申請案之第2件衍生設計申請案。
舉發案號編碼方式，以被舉發案案號加上「N」及2位數，每案從01開始。例如：098123456N01，表示對098123456案號之專利權所提起的第1件舉發案；098123456N02，表示對098123456案號之專利權所提起的第2件舉發案。
4.受理
4.1一般規定
申請人申請專利及辦理有關專利事項，無不合法定程式者，應予受理。實務作業上，對於申請事項無法立即於收文櫃台審查文件是否符合法定程式。因此，不論申請人以臨櫃送件、郵寄送件或電子送件等方式送件，皆先行收件，進行編列申請案號、文件掃描、文書資料建檔等作業，再進行審查。若審查時發現申請文件不符合法定程式而得補正者，將通知申請人限期（參照本篇第16章）補正，申請應備文件及申請規費於屆期前補正齊備者，申請案或申請事項應予受理。
申請人超過法定期間（參照本篇第16章）後，提出申請事項或主張權利者，因法定期間屆滿，不待處分即生法律效果，申請事項或主張權利應不予受理。例如：發明專利申請案自申請日後3年內，未申請實體審查，申請案視為撤回，故超過3年始申請實體審查，應不予受理；發明或新型專利申請案已逾得主張優先權之12個月法定期間者，其優先權主張不予受理等等（參照各相關章節）。
申請人為有關專利之申請及其他程序，遲誤指定期間者，原則上，應不予受理。但在處分前補正者，仍應受理。
申請實體審查、再審查等應於法定期間內提出之申請事項，申請人如於法定期間內已使用可識別特定申請案號之方式繳納規費，嗣於法定期間屆滿後補正申請書者，因客觀上其在法定期間內已明確為申請之意思表示，其申請事項應予受理。例如，以劃撥方式繳納實體審查規費，並於劃撥單上載明申請案號。惟如申請人使用無法識別特定申請案號之方式繳納規費，嗣於法定期間屆滿後補正申請書者，因無法判斷其據以繳納之案號，客觀上難認其在法定期間內已為申請之意思表示，其申請事項應不予受理。
4.2衍生設計專利特殊規定
衍生設計專利之申請人應與原設計專利申請人相同，如有不相同時，應通知申請人於指定期間內補正，申請人可就先申請案辦理申請權讓與，使原設計專利與衍生設計專利之申請人相同，屆期未補正者，衍生設計專利之申請應不予受理。
申請衍生設計專利，其申請日不得早於原設計申請日，且於原設計專利公告後，不得為之。若衍生設計申請日早於原設計申請日，或於原設計專利公告後始提出申請者，應不予受理，並退還申請規費。
衍生設計專利之申請，若於原設計專利申請案業經撤回、處分不受理或審定不予專利確定後提出者，因已無原設計專利存在，衍生設計專利之申請應不予受理，並退還申請規費。惟原設計專利申請案之不受理處分或不予專利之審定尚於行政救濟程序中者，其處理原則如下：
(1) 如原設計專利申請案經程序審查處分不予受理，於行政救濟中，申請衍生設計專利者，應通知申請人「將俟原設計專利申請案之行政救濟確定後，再續行辦理。」若原設計專利申請案維持不予受理處分確定者，衍生設計專利之申請亦應不予受理，並退還申請規費；若原設計專利申請案經訴願決定或法院判決撤銷不受理處分確定者，衍生設計專利之申請應予受理。
(2) 如原設計專利申請案經實體審查審定不予專利，於行政救濟中，申請衍生設計專利者，應受理該申請。若原設計專利申請案維持不予專利審定確定者，將通知申請人限期申復衍生設計專利申請案是否改請，屆期未申復者，審定不予專利；若原設計專利申請案經訴願決定或法院判決撤銷原審定確定者，則續行審查衍生設計專利。
5.撤回
專利申請案之撤回，除有例外規定，原則上，屬於申請人之自由，申請人在專利申請案審定或處分之前隨時可以撤回其申請案。撤回專利申請案，申請人應以書面提出申請，申請人為二人以上時，應由全體申請人提出撤回申請。
專利申請案審定或處分後，即無撤回問題，因此，准予專利審定或處分後至公告前，申請人申請撤回，探究申請人之真意，應屬拋棄後續得據以繳費取得專利權之權利。
舉發人得於審定前撤回舉發申請，但專利權人已提出答辯者，應經專利權人同意，專利專責機關應將撤回舉發之事實通知專利權人；自通知送達後10日內，專利權人未為反對之表示者，視為同意撤回舉發案。惟如舉發案審定後，即無撤回問題。
為避免第三人重複申請審查及審查經濟之考量，申請實體審查之申請，不得撤回。因此，不論申請時一併申請實體審查，或嗣後申請實體審查，一經申請即不得撤回。惟申請人撤回專利申請案，則使申請實體審查之申請無所依附，而當然發生形同撤回申請實體審查之效力。此外，新型專利技術報告之申請，亦不得撤回。
專利申請案如改請為他種專利類型，由於原案改請後已不復存在，不得撤回改請申請，回復原申請專利類型。例如：發明專利申請案改請為新型專利申請案，不得撤回該改請申請，使其回復為發明專利申請案。
專利申請案如申請分割後，因原申請案之標的已分割為2個申請案，亦不得撤回分割之申請，使原申請案回復分割前之狀態。
除上述專利申請案或其他申請事項撤回情形外，申請人亦有可能申請撤回部分申請文件，原則上，申請人在專利申請案審定或處分之前隨時可以撤回其申請文件。惟申請人必須承擔因撤回致欠缺該文件所產生之後果，例如：申請人申請撤回全部或部分說明書、申請專利範圍、圖式或撤回優先權證明文件時，將准予撤回，惟可能形成文件不齊備，而致申請案不予受理或影響申請日或影響專利要件或視為未主張優先權。
申請人申請撤回，自其書面意思表示到達專利專責機關即生撤回效力。若申請人嗣後來函欲變更其撤回之意思，因已生撤回效力，無法受理其意思變更；惟其變更撤回之書面意思表示，在其撤回申請到達專利專責機關之同時或先時到達者，不在此限。
6. 拋棄
申請人欲拋棄其專利申請權，理論上，自其意思表示成立之時發生效力，惟申請人應向專利專責機關以書面意思表示拋棄，始能終止審查程序。
專利申請權為共有時，須經全體共有人同意，始能拋棄共有之專利申請權。專利申請權之全體共有人拋棄申請權者，申請案不續行程序。若共有人之一拋棄其申請權之應有部分者，申請權則由其他共有人享有。
專利權人拋棄其專利權，專利權自其以書面向專利專責機關表示拋棄之日消滅。
專利權為共有時，須經全體共有人同意，始能拋棄共有之專利權。若共有人之一拋棄其專利權之應有部分者，專利權則由其他共有人享有。
專利權已授權或設定質權予他人時，專利權人須經被授權人或質權人之同意，始得拋棄專利權。
發明、新型或設計為非專利申請權人或專利申請權之部分共有人請准專利，經專利申請權人或專利申請權共有人於該專利案公告之日起2年內申請舉發，並於舉發撤銷確定後2個月內申請專利者，以非專利申請權人之申請日為其申請日。為保障以上開事由提起舉發之舉發人將來取得專利權之權益，若被舉發人拋棄其專利權者，應待舉發審查確定後再依審定結果續行辦理，如舉發成立，因原表示拋棄專利權之人並非真正專利權人，或僅為專利權共有人之一，其拋棄之意思表示不生效力；如舉發不成立，則受理其拋棄之登記。